本作はストーリーが進むと入れなくなる場所や、取れなくなるアイテムなどが非常に多いので、コンプリートを目指す場合は注意
以下の内容は全て攻略チャートにも記載

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2度と入れなくなる場所

該当ダンジョンをクリアすると2度と入れない
第1世界：トルナ運河、ウォルスの塔、カルナック城、ロンカ遺跡
第2世界：エクスデス城（ガラフ1人）、ビッグブリッジ、ゼザの船団、バリアの塔、ムーアの大森林（火災前）、エクスデス城（2回目）
第3世界：フォークタワー

次の世界へ移動すると2度と入れない
第1世界：フィールド各地、タイクーンの隕石、船の墓場、ウォルス城＆町、リックスの村、イストリーの村
第2世界：フィールド各地、地下大河、モーグリの村、ギルの洞窟、ギードの祠

ストーリーが進行すると2度と入れない
第3世界：タイクーン城（ギードの祠に到達後に消滅）、古代図書館（ピラミッドをクリア後に消滅）

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モンスター図鑑

GBA版以降の新要素で、オリジナル版には存在しない。
ピクセルリマスター版の図鑑は全セーブデータ共有なので、ストーリーの進行によってセーブデータを分けておくと後からでも取り返しがつく。

フォルツァ：北の山のボス「マギサ」のHPが300以下になると出現
デスクロー：カルナック城出口のバトルで軍曹が変身、GBA版は変身前に倒すと図鑑に登録されない
アブダクター：第2世界へ訪れた際に現れるボスで、負けると登録されない
2度と入れなくなるダンジョンや、第1世界＆第2世界のフィールドに出現するモンスター全般（攻略チャートを参照）

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召喚獣

下記の3種は次の世界へ進むと取れなくなる。
シヴァ：第1世界にて、ウォルス城の配水塔で入手
カトブレパス：第2世界のマップ左上にある山に囲まれた森（海底から洞窟経由で行ける）
カーバンクル：第2世界の終盤、エクスデス城（2回目）の、床がドクロのひし形エリアで、最北部分からワープした先

（ラムウは第1世界で取り逃がした場合、次元の狭間でエンカウントする）
（飛竜の谷のゴーレムは倒してしまっても再出現する）

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吟遊詩人の歌

愛の歌：イストリーの村の詩人から教わる
誘惑の歌：リックスの村でバッツのイベント後、詩人から教わる
どちらも第2世界へ移動すると2度と覚えることが出来ない。

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宝箱回収率

第3世界のカルナックの町の南（コの字型の入江）の海底にある洞窟内にいる「物知りじいさん」から聞ける戦績の一つ。
宝箱回収率は、宝箱以外にも樽や壺、隠しアイテムなども含まれる。（全て攻略チャートに記載）
宝箱回収率に影響しない物：NPCから貰えるアイテム/中身が変わる宝箱/盗賊一匹狼に開けられた宝箱/チキンナイフ・ブレイブブレイド

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装備

スピア
エクスデス城の雑魚モンスター「ジェイルベア」から低確率で盗める。エクスデス城が真の姿になると2度と入手不可。
最も弱い槍だが、何故か他の入手手段が一切存在しない。

アイアンシールド / 拳法着
第1世界のウォルスの町で購入する以外の入手手段が存在しない。

電撃鞭
ジャコールの洞窟の宝箱：ウォルスの牢屋の泥棒を逃がしていると手に入らない。
フォークタワーに出現するフレアーからも盗めるが、クリア後は2度と入れないダンジョン。

金の髪飾り
バリアの塔の宝箱（期間限定）、ピラミッドの宝箱、ゴゴから盗む（レア枠、期間限定）の3個限定。

すす
ムーアの大森林の火災後の宝箱、同地のボス「クリスタル（4体）」が1/16の確率でドロップ、時限の狭間のボス「アパンダ」から盗む＆ドロップ。
理論上は最大7個存在するが、クリスタル4体全てからのドロップを狙うのは極めて困難。

源氏防具
ギルガメッシュと3度目のバトル（船の甲板）から盗めるようになる。
バトル毎に盗める部位が異なる。
源氏の小手（第2世界・ゼザの船団）
源氏の兜（第2世界・真エクスデス城・ギルガメッシュチェンジ後）
源氏の盾（第3世界・次元の狭間ラストフロア・最初のエリアで遭遇時）
源氏の鎧（第3世界・次元の狭間ラストフロア・ネクロフォビア戦）
真エクスデス城11Fの宝箱を開けずに進むと2度とギルガメッシュは登場せず、エクスカリパーも含め以降の源氏防具は入手不可になるが、意図的に無視しない限り開け忘れることはない。

力の杖
第2世界終盤のエクスデス城の雑魚モンスター「暗黒魔道士」が低確率で落とす。

コルナゴの壺
最大2個限定。ケルブの村のサブクエストで入手、フォークタワーのボス「全てを知る者」からも低確率で盗める。

チキンナイフ＆ブレイブブレイド
片方しか手に入らない。

ミラージュベスト
蜃気楼の町のNPCと話し世界一周後に入手。
次元の狭間でハリカルナッソスを倒すとNPCが消滅し2度と入手不可能（リマスター版は修正）。

盗賊の小手
第1世界の火力船の宝箱から1個入手、また第3世界のボス「セクメト」「ネクロフォビア」から盗む（レア枠）ことが可能。
セクメトは逃げることで再戦が可能なので、盗んでから逃げるの繰り返しで量産が可能。
セクメトを倒してしまうと2度と量産は不可能に。

巨人の小手
次元の狭間のボス「アポカリョープス」から低確率で盗める。

巨人の斧
最大2個限定。イストリーの滝の宝箱、時限の狭間のボス「ツインタニア」がパワーアップ状態の時に盗める。

ティンカーベル
風水師の最強武器。
次元の狭間のボス「ツインタニア」が特定条件下で稀に落とす。

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期間限定のサブイベント

第1世界
船入手後、海賊のアジトへ戻るとボコのイベント。
船入手後、トゥールの村の宿屋2階でファリスのイベント。運河のカギを貰い村を出ると消滅。
ウォルスの塔クリア後、ウォルス城の王の部屋へ寄るとイベント。
カルナック城爆発後、火力船でシドと会話イベント、その後カルナックの町の酒場2階で会話。
リックスの村のバッツの家で回想イベント。詩人から「誘惑の歌」入手。
リックスの村の宿屋に泊まるとイベント。大事なもの「形見の袋」が消滅する。
・コレクターとしては所持しておきたいが、「所持＝該当イベントを見逃した」ともいえるため、どちらを取るかはプレイヤー次第。

タイクーン城でのイベント
北の山をクリアし飛竜を入手後（大臣から「癒しの杖」入手）
カタパルトをクリアし飛空艇入手後
ロンカ遺跡クリア後
王の部屋の日記（回想イベント）は第3世界でも発生（城が無に飲まれるまで）。

第2世界
ルゴルの村：宿屋に泊まると発生、酒場でガラフがバッツに感謝するイベント。発生期限はムーアの大森林クリアまで。
封印城クーザー：初回訪問時に会話イベント。ガラフ不在でも原作やGBA版は発生するが、PR版などは発生しなくなる。

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その他

主人公の名前
ゲーム開始直後に入力した名前を後から変えることはできない。前作のネミングウェイのようなNPCも存在しない。

投げる
忍者の投げるで使用したアイテムは消失する。貴重な武器を投げてしまった場合、2度と手に入らなくなる。

ケルブの料理
ケルブの村の宿屋で料理が食べられるのは3回までで、1回毎に外の羊が減っていく。羊は2度と復活しない。

ピクセルリマスター版の移動速度
オリジナル版はデフォルトで倍速移動する機能はなくシーフの特性「ダッシュ」で可能だったが、本作は倍速移動が標準で使えるようになったため、シーフの倍速移動は2倍から3倍へと変更されている。
これにより、パーティにシーフがいる、またはシーフをジョブマスター済みの「すっぴん」がいる場合、移動が等倍か3倍のどちらかとなり、2倍速移動が使えなくなってしまう。